そこは人間の体の中――。たくさんの細胞たちがはたらいている世界。 ある時、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へと向かうことに。だが、そこに待ち受けていたものは、望まざる最強の敵との再会だった。 「僕とキミたちのどちらが正義か、はっきりさせよう」
再び現れたがん細胞。そして悪玉菌により荒らされる腸内環境。体内はかつてない大ピンチに!? 「やめるんだ、がん細胞──！」 この世界を守るため、白血球（好中球）たちは世界の命運をかけた大血戦に挑む！
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